Marcin Budziński do Arki trafił w wieku juniora z klubu Mamry Giżycko z etykietką dużego talentu. Prawdziwą szansę dał mu Czesław Michniewicz, jednak "Budzik" nie rozwinął się tak, jak prognozowano. Petr Nemec nie mógł z pochodzącym z Giżycka pomocnikiem znaleźć porozumienia i odesłał go do rezerw. Tam Marcin zdobył kilka bramek i okazał się wzmocnieniem drugiego zespołu, ale nie wystarczyło to, by trener przywrócił go do pierwszej drużyny.

W przerwie zimowej na wniosek Dariusza Pasieki wypożyczyła go Cracovia, gdzie po początkowych problemach znalazł miejsce w pierwszym składzie. Marcin Budziński w rundzie wiosennej sezonu 2011/12 ekstraklasy wystąpił w barwach Cracovii w 11 meczach, strzelając jednego gola w meczu z Podbeskidziem.

Kwota transferu nie została ujawniona.